「ATOK for Linux」とどちらを購入するかで悩んだのですが、選考のポイントは「えせかんな」で使いたいという点になりました。(すでにkinput2-cannaやXEmacsのcanna.elに慣れてしまっているため)
つまり選択の基準は私の個人的な事情です。

インストール後試してみた結果、Wnn8はWnn7 SDKで開発したクライアントから機能制限ありながら使用可能であるため、「えせかんな」(esecanna-module-wnn)の介在も可能です。(moduleに少しパッチが必要)
Web情報では他の(純正のIIMF以外の)入力メソッドでも利用できているようです。

Mozillaなどに入力するときはkinput2で間に合っているため、入力メソッドのIIIMFは使用していません。(試用してみたが、GTKやEmacsとのキーのバッチングを解消するのが面倒という理由でkinput2に戻った)それゆえ、「入力予測」や「連《想》変換」などの機能はまだ利用していません。

Windows版ATOKも使用したことがあるのですが、体感的に変換効率はATOKの方が高いです。また、Cannaに慣れていると少し変換がもたつく感じがあります。ATOKと比べて変換が速いかどうかは分かりません。しかしCannaのバカっぽさから解放されて非常に満足しています。

なおFreeBSDには正式対応していないので、FreeBSDユーザーは正式対応になるまで購入を見合わせた方がいいです。

使用環境: Vine Linux 3.1, Pentium4 2.53GHz(1CPU), Memory 512MB